Стремительные темпы наступления германских войск и отсутствие организованной эвакуации, привели к тому, что только 15 тысяч латвийских евреев попали во внутренние районы СССР. Пять тысяч местных евреев погибли в результате военных действий и бомбардировок в ходе наступления немецкой армии.
Но Холокост в Латвии начался не с массовых расстрелов евреев, проводившихся айнзацгруппами СС, а с погромов, организованных местным населением. 29 июня 1941 года Гейдрих выпустил приказ силам СС, где предписывал «не чинить препятствий стараниям к самоочищению от антикоммунистических и антиеврейских кругов» в оккупированных странах.
Немцы заняли Ригу 1 июля 1941 года. На следующий день было создано латышское вспомогательное подразделение германской полиции безопасности и СД под командованием бывшего офицера латвийской армии Виктора Арайса. Начиная с 7 июля члены команды Арайса и немцы начали вывозить арестованных евреев группами по 200-400 человек в Бикерниекский лес и там расстреливать. Всего до конца сентября 1941 года в Бикерниеки было убито 5 тыс. евреев. Летом-осенью 1941 года подручные Арайса на специальных автобусах, выкрашенных в синий цвет, выезжали и в провинцию для проведения массовых расстрелов. Так, без участия немцев, было уничтожено еврейское население в Абрене, Кудиге, Крустпилсе, Валке, Елгаве, Балви, Тукумсе, Резекне и многих других населенных пунктах.
В других городах евреев расстреливали местные жители. Например, в Силене 28 июля 1941-го было уничтожено 186 евреев, в Вентспилсе в конце сентября — около 200 евреев, в Риебени — 181.
Сразу после оккупации в городах и местечках Латвии были созданы гетто, подавляющее большинство из которых просуществовали всего несколько дней или недель. В ночь с 29 на 30 ноября и 8 декабря 1941 года в Румбульском лесу в пригороде Риги расстреляли узников столичного гетто – 27 тысяч человек.
В Лиепае в июне-сентябре были убиты несколько тысяч еврейских мужчин, а в декабре 2749 женщин и детей. 9 ноября в Даугавпилсе эсэсовцы расстреляли 1134 еврея.
23 октября и 21 ноября 1941 г. в Риге было расстреляно несколько сотен евреев — подданных нейтральных стран (Ирана, Южной и Северной Америки, в том числе США). С декабря 1941 года в рижское гетто стали направлять евреев из европейских стран, в первую очередь Германии, Австрии, Чехословакии. Всего в Ригу было депортировано 25 тыс. европейских евреев. Многие из них были сразу уничтожены в Бикерниекском лесу, часть была отправлена в Саласпилсский концлагерь, остальные размещены на территории большого гетто в Риге.
Тем, кому удалось уцелеть, были расстреляны накануне прихода Красной армии в 1944-м, некоторые депортированы в Освенцим и концлагерь Штутгоф в Германии.
Из одной тысячи латвийских евреев, оставшихся в живых после ликвидации немецких концлагерей, большинство отказалось возвращаться в советскую Латвию; большая часть из лагерей для перемещенных лиц в Германии, Австрии и Италии репатриировалась в Эрец Исраэль. В самой Латвии после войны оставалось лишь 150 евреев. Правда, в последующие годы еврейское население республики быстро увеличилось за счет переселенцев из других районов СССР.
Надо сказать, что Латвия уже принесла официальные извинения жертвам Холокоста. Выступая в 2005-м году в Румбуле на мероприятиях, посвященных 60-летию освобождения Освенцима, министр иностранных дел Артис Пабрикс выразил сожаление в связи с тем, что «Латвия не смогла уберечь людей, которые погибли на этой земле во время Холокоста». При этом он с горечью констатировал, что «Латвия оказалась неспособна воспитать своих граждан достаточно терпимыми и с правильной моралью». Это очень тонкое замечание, особенно в свете попыток реабилитации известного летчика Герберта Цукурса – в годы войны – подчиненного Арайса. По воспоминаниям свидетелей, в ноябре 1941 года Цукурс, будучи руководителем первой акции по уничтожению рижского гетто, лично убивал отстающих от колонны стариков и больных. Во время расстрела Цукурс отнимал грудных младенцев и, подбрасывая в воздух, стрелял в них. Ради справедливости заметим, что Генеральная прокуратура Латвии дважды отклонила иски о реабилитации этого палача.